家族が5人いますが、それぞれがインフルエンザの予防接種を受けた都度、補助金の申請をしてもよいですか？

可能な限り、家族全員の予防接種を終えてから、まとめて申請してください。また、医師の指導により2回に分けて予防接種を受ける場合は、２回目終了後に申請してください。